Le Conseil d'administration du PNUD fait également office de Conseil d'administration du FENU. Le Conseil d'administration—officiellement le Conseil d'administration du PNUD/FNUAP/UNOPS—est composé de 36 États membres issus de groupements régionaux qui siègent à tour de rôle et se réunissent trois fois par an. Environ les deux tiers du Conseil d'administration sont composés de pays de programme, tandis que le tiers restant est composé de pays donateurs. Le Conseil d'administration est subordonné au Conseil économique et social et, en dernier ressort, à l'Assemblée générale des Nations Unies.

L'administrateur du PNUD est également le directeur général de l'UNCDF. Le Secrétaire exécutif a été chargé d'administrer la majorité des opérations de l'UNCDF.

À l'instar du PNUD, l'UNCDF reçoit des contributions des États membres et des partenaires de développement internationaux. L'architecture financière de l'UNCDF se compose de contributions volontaires de base, de contributions autres que de base et de fonds réservés. Au cours de la dernière décennie, le financement annuel de l'UNCDF a plus que doublé.